1998年，王耀庆退伍时，王淑娟邀请他出演电视剧《太阳花》，分别饰演汪子敏、汪子荃两角，在台湾受人关注。

2001年出演电视剧《天下第一状》金彦之一角。

2002年出演电视剧《八号风球的爱恋》王宇治一角，同年出演电影《大地之女》李树桐一角。

2003年出演电视剧《老婆大人》赵大伟一角。

2004年出演电视剧《紫禁之巅》升哥一角。

2005年出演电视剧《好美丽诊所》曾大庆一角。

2006年出演电视剧《天下第一味》陈圣昌一角，该剧在台湾获得收视冠军。同年工作重心转向舞台剧，同年王耀庆出演导演林奕华的舞台剧《水浒传》。

2008年王耀庆和张艾嘉合作演出舞台剧《华丽上班族之生活与生存》。

2009年王耀庆同林依晨合作演出舞台剧《男人与女人之战争与和平》。

2010年王耀庆与李心洁合作演出舞台剧《命运建筑师之远大前程》。

2011年王耀庆和刘若英合作演出话剧《红娘的异想世界之在西厢》。

2011年开始到内地发展，王耀庆第一次出演内地电影《失恋33天》，在该片中饰演凤凰男魏依然一角，凭借此片提名第31届大众电影百花奖“最佳男配角”。该片上映4天票房成功突破亿元大关，首周票房更是达到1.89亿，夺得当周票房冠军。总票房为3.5亿元人民币。

2012年，王耀庆第一次出演内地电视剧《浮沉》，在该剧中饰演职场金领陆帆一角，凭借该剧他同时获得华鼎奖“最佳男配角”、“观众最喜爱影视明星”提名。

2013年，王耀庆在都市育儿剧《小儿难养》中饰演高级金领严道信一角，凭借该剧入围第19届上海电影节白玉兰奖“最具人气男演员”。同年，王耀庆在都市温情剧《小爸爸》中饰演美国职业律师“泰勒”一角。

2014年，王耀庆在偶像电视剧《唱战记》中饰演一位德高望重的“选秀教父”西城一角。同年主演悬疑电影《催眠大师》，该片于2014年4月29日上映，在四天内票房过亿，至5月11日，上映13天的《催眠大师》票房突破两亿元，就此刷新了国产悬疑电影票房的最高纪录 ，至5月21日，票房超过2.5亿元。同年7月24日，主演的医疗行业剧《产科医生》上星首播，剧中饰演男一号海归主任医师肖程一角。同年10月13日，王耀庆加盟的由张国立自导自演的家庭伦理暖心剧《半路父子》首播，剧中饰演帅气“坏前夫”高峰一角。同年8月17日，都市轻喜剧剧《小爸妈》上海开机，剧中饰演单亲爸爸高建。同年11月4日，谍战剧《毕业歌》开机，剧中扮演留美博士国民党飞机制造厂的一名举足轻重的工程师洪望楠 。

2015年3月9日，由王耀庆、刘涛、马天宇主演婚姻情感剧《淘婚记》三亚开机。同年4月24日，由王耀庆、戚薇主演的作为《杜拉拉升职记》系列的圆满终章的电视剧《我是杜拉拉》开机，剧中饰演男一号王伟。同年8月19日，出席都市情感电视剧《好先生》发布会。