1995年，在电影学院读书期间，金巧巧接拍了她的第一部电影《罪恶》。剧中的男主角由周里京扮演，金巧巧扮演一个第三者。在大学期间金巧巧就和潘长江拍摄了她的第一部影视作品《雨天有故事》，在其中扮演了现代纯情少女邱红。

1999年，凭借《走过柳源》中的夏莲一角，金巧巧还获得了第十七届电视金鹰奖最佳女配角的提名。2000年，在电视剧《春光灿烂猪八戒》扮演了刁钻任性的二龙女，并在《大众电视》杂志举办的群众评选“我心中最喜欢的二十名演员”活动中，金巧巧获得了评委会颁发的奖杯。

2003年，成立了自己的公司——北京巧巧影视文化传播有限公司，独立制作监制出品并主演了电视剧《佳人有约》。

2004年，在电视剧《喜气洋洋猪八戒》扮演了红梅傲雪。2005年《太祖秘史》中金巧巧扮演的那齐娅是一个为了心爱的人可以赴汤蹈火的痴情女子。

2006年《薛仁贵传奇》中金巧巧扮演了温淑贤良的渤辽公主。2007年金巧巧首次跨上了话剧舞台，主演了惊悚片《下一个就是你》。2008年，金巧巧推出了个人单曲《巧克力》。

2009年度荣获“最佳女演员”称号，同年接拍了尤小刚导演执导的《杨贵妃秘史》，金巧巧出演“玉真公主”一角。

2010年出演《老大的幸福》小南一角，获得“华鼎奖”观众最喜爱女演员“奖。并在《老大的幸福》剧中扮演三弟媳妇“小南”。同年出演陈勋奇执导，成龙总监制的古装电影《杨门女将》饰演“杨三娘”一角，与张柏芝，郑佩佩，刘晓庆，任贤齐领衔主演。

2011年出演导演赵镭执导32集古代传奇电视剧《香山奇缘》饰演女反一“吴贵妃”，与刘晓虎、徐飒、王馥荔、傅艺伟、斯琴高娃等主演。

2012年于正制作的古装电视剧《陆贞传奇》中巧巧不再饰演“公主”却演起了“女官”杜司仪，剧中扮演的是女主角陆贞的师傅，由赵丽颖、陈晓、刘雪华、张可颐、杨蓉、乔任梁等主演。

2013年出演彭氏兄弟华语首部灾难电影《逃出生天3D》剧中和香港演员张兆辉饰演一对夫妻，由古天乐，刘青云，李心洁，张兆辉等主演。

2015年，在当代都市情感大戏《继父难当》中饰演罗大佐（林永健饰）老板韩玉萍。